あらすじ・ストーリー紹介編集

人類が天上から戻った時代。人々は、汚染した地球を修復するため「環境神群」と呼ばれるシステムに地球を託したものの、天上での争いによって再び地球に降り立つ。しかし環境神群によって過剰修復されていたため極東以外に進出できず唯一人類が地球上で生活可能な土地「神州」で改めて人類が天上へ戻ることを目的として、「聖譜」に従って過去の歴史を再現していた。
居住可能な地が極東のみだったため、人類が天上に行く以前に極東に住んでいた人々は極東に住み、環境神群によってつくられた重奏世界でそれ以外の地域に住んでいた人々が生活していた。しかし南北朝動乱の再現として重奏世界を制御していた三種の神器が失われ、重奏世界が崩壊し現実世界と合体。南北朝動乱の再現によって疲れ果てた極東側は重奏世界に敗北し支配されることになる。
そんな中、時代は流れ1648年、100年ごとに更新されるはずの聖譜記述がなぜか更新されず、聖譜に記述された最後の年が訪れ世界は終焉へと向かっていた。
そのなか、極東に唯一認められた独立領土、巨大航空都市艦「武蔵」で、主人公・トーリは昔死んだはずの少女、ホライゾンに告白すると宣言する。その翌日三河が、地脈炉の暴走により消滅し、ホライゾンが極東が所有を禁止されている大量破壊兵器「大罪武装」”焦がれの全域”であることが分かる。
大罪武装の返還と三河消滅の責任をとるため自害することになったホライゾンを救うための大義名分として挙げた、大罪武装の収集による末世解決を行うため大罪武装を手に入れるための戦争を始める。